Braque du Bourbonnais

Elevage / Breeding => Génétique / Genetics => Discussion démarrée par: mic_comte le Septembre 30, 2015, 10:35:35



Titre: Calculer la consanguinité / Compute inbreeding
Posté par: mic_comte le Septembre 30, 2015, 10:35:35
 Bonjour,
J'ai trouvé un moyen de calculer la consanguinité de tous les Bourbonnais, y compris des futures portée, comme on le faisait avec pawpeds avant, mais avec la base de données actualisée.
Je n'ai pas beaucoup de temps aujourd'hui, mais voilà des explications rapides:
1- Il faut télécharger et installer ce programme:
http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
le fichier à télécharger est là:
http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.zip

2- Ensuite il faut télécharger le fichier BraqueDuBourbonnaisDB.PED, qui est la base de données dans un format lisible par Pedigree Viewer. J'ai mis le fichier ici:
http://www.braquedubourbonnais.info/Pedigrees/BraqueDuBourbonnaisDB.PED

3- Il faut ouvrir ce fichier avec pedigree Viewer (File -Open Pedigree file).

4- On peut déjà calculer tous les coefficients de consanguinité en cliquant sur Tool - Inbreeding coefficients

5- On sauve le résultat en cliquant sur File - Save sequential ID file -> ça va créer un fichier BraqueDuBourbonnaisDB_SEQ.PED à côté de BraqueDuBourbonnaisDB.PED, avec un champ en plus, qui est la consanguinité.

6- Éditer BraqueDuBourbonnaisDB.PED:
Si vous voulez tester des futures portées, il faut juste rajouter des lignes à ce fichier avec vos portée. Voilà le format du fichier:
C'est un fichier texte tout simple, chaque ligne est composée de 6 champs séparés par un espace:

634622 633163 633721 0 LucienduPechduCayrol

634622 est l'identifiant du chien
633163 est l'identifiant de son père
633721 est l'identifiant de de sa mère
0 est son sexe (0=male, 1=femelle)
LucienduPechduCayrol est le nom du chien, dont j'ai enlevé tous les caractères autres que lettre et chiffres

Donc, si je veux tester le mariage de Lucien avec Loxane, je cherche Loxane dans le fichier:
634644 633701 633590 1 Loxane

Et je crée une ligne supplémentaire (le nom PorteeLucienHorsLoxane  doit être unique et ne doit pas comporter d'espace ni de caractère spécial):
PorteeLucienHorsLoxane 634622 634644 0 PorteeLucienHorsLoxane

Il n'y a plus qu'à ouvrir à nouveau le fichier BraqueDuBourbonnaisDB.PED avec Pedigree Viewer et refaire Tool - Inbreeding coefficients, on trouvera la consanguinité de la portée dans BraqueDuBourbonnaisDB_SEQ.PED, ça donne 0.21036, c'est à dire 21,036%







Titre: Re : Calculer la consanguinité / Compute inbreeding
Posté par: mic_comte le Septembre 30, 2015, 13:50:04
 Une évolution, j'ai rajouté la consanguinité pour tous les chiens existants, vous pouvez voir à côté de leur nom "F = x%".


Titre: Re : Calculer la consanguinité / Compute inbreeding
Posté par: mic_comte le Septembre 30, 2015, 22:04:02
 Et pour tester vos portées, il y a plus simple, vous pouvez m'envoyer le male et la femelle, et je créerai un chien temporaire PorteeMaleHorsFemelle pour lequel la consanguinité sera affichée.

 Dans Pedigree Viewer, on peut aussi utiliser Tools - coancestry.